子宫内膜异位的发生主要有三种学说：种植学说，化生学说和上皮由来学说。在卵巢子宫内膜异位囊肿的研究中以种植学说最受推崇。种植学说：Sampsan于1921年首次提出该学说。这一理论认为，异位的内膜来源于子宫内膜组织，这些组织转移到宫腔以外的部位，种植和生长。常见的传播途径有经血逆流、医源性种植、淋巴传播和血管播散等。此外还有免疫学说。
首先是对于病症的检查
1.病史
重点询问月经史、孕产史、家族史及手术史。特别注意疼痛或痛经的发生发展与月经和剖宫产、人流术、输卵管通液术等手术的关系。
2.妇科检查
除双合诊外，应特别强调必须进行三合诊检查。卵巢子宫内膜异位症者，在附件区可触及与子宫或阔韧带、盆壁相粘连的囊性肿块，活动度差，往往有轻度触痛，囊肿直径一般小于10cm。
3.腹腔镜检查
腹腔镜检查是目前临床上诊断卵巢巧克力囊肿效果最好的方法，主要是在腹腔镜的辅助下对盆腔进行窥视，能够精确的找到子宫内膜异位的位置以及病因，并且对其进行精确的诊断。
治疗方案
可采用药物或（和）手术治疗（保守性或根治性）。迄今为止，除根治性手术外，尚无一种理想的根治方法。无论是药物治疗抑或保守性手术均有相当高的复发率。因此，应根据患者年龄、症状、体征、病变范围以及对生育要求、患者的主观愿望等因素加以选择，强调个体化治疗。主张选对药物积极治疗并结合密切随访复查，注意卵巢囊肿的性质变化，再采取相应的对策。症状轻或无症状的轻微病变选用期待治疗；有生育要求的轻度患者明确诊断后先行药物治疗，病情重者行保留生育功能手术；年轻但无生育要求的重症患者可行保留卵巢功能手术，并辅以药物治疗；症状及病变均严重的无生育要求患者可行根治性手术。
手术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是本病最佳的处理方法。目前认为以腹腔镜确诊、手术+药物为内异症治疗的金标准。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法。但腹腔镜手术的选择及效果在很大程度取决于设备、器械和手术者的经验及技巧。开腹手术可用于腹腔镜条件不具备或非常复杂的手术，如严重粘连和有多次手术史者。
